Управлением безопасности ГФС России совместно с Центром информационной безопасности ФСБ России, Управлением ФСБ России по Новосибирской области и прокуратурой г. Новосибирска в отношении начальника Управления ГФС России по Сибирскому федеральному округу полковника внутренней службы Малышева Андрея Александровича проведен комплекс оперативно-розыскных и следственных мероприятий, направленных на документирование и пресечение его противоправной деятельности.

22 марта 2007 г. в отношении Малышева Андрея Александровича прокуратурой г. Новосибирска возбуждено уголовное дело по признакам состава преступления, предусмотренного ч. 3 ст. 160 (присвоение или растрата) и ч. 1 ст. 285 (злоупотребление должностными полномочиями) Уголовного кодекса Российской Федерации.

24 марта 2007 г. ему предъявлено обвинение и избрана мера пресечения – подписка о невыезде.

Приказом ГФС России от 23 марта 2007 г. № 104 в соответствии со статьей 16 Положения о службе в органах внутренних дел Российской Федерации Малышев Андрей Александрович временно отстранен от занимаемой должности.